Janja Milković rođena je u Velikoj Kopanici 18. siječnja 1949. godine. Osnovnu školu i gimnaziju završila je u Zagrebu kao i studij na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu, Odjel Fizika, struka Geofizika s meteorologijom, koji je završila 1975. godine. Magistrirala je 1983. obranivši rad Statističke metode proučavanja meteoroloških polja u svrhu racionalizacije mreže stanica. Od 1975. do umirovljenja 2015. bila je zaposlena u Državnom hidrometeorološkom zavodu u Klimatološko-meteorološkom odjelu kao stručni suradnik, od 1993. kao načelnica Odjela za prikupljanje, podloge i proučavanje oborine, a od 2001. kao načelnica Odjela za obradu i kontrolu podataka i klimatske podloge. Sudjelovala je u raznim projektima Ministarstva znanosti i tehnologije Republike Hrvatske i bila koordinatorica programa Istraživanje točnosti mjerenja oborine. Od 1986. do 1994. bila je članica Međunarodnog odbora Svjetske meteorološke organizacije (WMO) i koordinatorica za Hrvatsku u projektu WMO Solid Precipitation Measurement Intercomparison. Kao članica znanstvenih i organizacijskih odbora sudjelovala je u organizaciji više domaćih znanstvenih skupova.
U Hrvatskom meteorološkom društvu, čija je članica od 1976., bila je tajnica (1986. – 1990.) i predsjednica (1990. – 1998.) te glavna urednica Hrvatskog meteorološkog časopisa (HMČ) (1993. – 1998.).
Osim u HMD-u bila je aktivna u radu Predsjedništva Pokreta prijatelja prirode Lijepa naša od 1994. do 1998. godine. Od 1997. do 2000. bila je predstavnica te udruge u Nacionalnom programskom tijelu za provedbu Montrealskog protokola u Republici Hrvatskoj. Jedna je od pokretačica programa GLOBE u Hrvatskoj 1995., u kojem je od početka pa do 2015. bila predavačica i savjetnica za meteorologiju te članica Državnog povjerenstva za provođenje GLOBE programa u Hrvatskoj. Od 1996. do 2000. bila je članica stručnog Povjerenstva za poslove praćenja kakvoće zraka i emisiju u zrak pri Državnoj upravi za zaštitu okoliša. Jedna je od autorica Okvirnog nastavnog plana i programa za školovanje meteoroloških tehničara koje je započelo u Karlovcu 2000./2001. godine.
